A magyar repülés szabályozása 1917-ben kezdődött az Osztrák-Magyar Monarchia közös hadügy-minisztériumának a légiforgalom szervezésére és szabályozására kidolgozott tervezetével. A polgári repülés - a Versailles-i békeszerződés repülőipart és katonai repülést tiltó rendelkezéseire tekintettel - az 1920-ban megalakult Magyar Aeroforgalmi Részvénytársasággal (MAEFORt) kezdődött, a "repülésügyek" a Kereskedelmi Minisztériumhoz kerültek. 1921-ben a Légügyi Szakosztály a Kereskedelmi Minisztérium XI. szakosztálya lett. 1922-ben kapott a békeszerződésben foglaltak alóli felmentést a közforgalmú légiközlekedés, így még az év decemberében megszületett az a Légiközlekedési alaprendelet, amely már hivatalosan is a kereskedelemügyi miniszter hatáskörébe utalta a légiközlekedéssel kapcsolatos feladatokat. 1924-ben hozták létre a Minisztérium keretében "a m. kir. Légügyi Hivatalt" (LüH), amely egyben a Minisztérium V. Légiforgalmi szakosztályaként működött. A szakosztály az alábbi alrendszerekre tagozódott:
- személyi és forgalmi osztály,
- műszaki osztály,
- gazdászati-közigazgatási osztály,
- légirendészeti és nyilvántartási osztály,
- szervezési, kiképzési, felriasztási és szabályzatszerkesztési osztály,
- repülőgép és motorellenőrzési csoport,
- repülőtér építési csoport,
- segédhivatal és gazdasági hivatal.
1937-ben az újra szerveződött katonai repülés és a polgári repülés szétvált, ez utóbbit változatlanul a Légügyi Hivatal felügyelte.
1944-ben a közforgalmi repülés főfelügyelet a Kereskedelmi és Közlekedésügyi Minisztériumtól a Honvédelmi Minisztériumhoz került, majd 1945 májusában visszakerült a KKM hatáskörébe. Ebben az évben vette fel a kapcsolatot a légiforgalmi szakosztály az Ideiglenes Nemzetközi Polgári Repülési Szervezet (PICAO) központi Titkárságával a légiforgalmi szolgálatok nemzetközi követelményeknek megfelelő újjászervezése érdekében. 1946-ban jött létre a KKM III. légiközlekedési szakosztálya.
1954-ben a Közlekedési és Postaügyi Minisztérium (KPM) létrehozta a Magyar Légiközlekedési Vállalatot (MALÉV).
1957-ben átszervezték a polgári repülés légügyi hatósági feladatait a KPM keretei között ellátó szervezetét, létrejött a Légügyi Főigazgatóság, majd 1967-ben a Légügyi Főosztály.
Az 1960-as évek végén és a 70-es évek elején történt MALÉV repülőgép katasztrófák elemzése szükségessé tette a repülési felügyelet feladatainak leválasztását az üzemeltetési feladatoktól. Így 1973-ban a MALÉV-től a felügyeleti feladatokat és a Ferihegy Repülőtér üzemeltetési feladatait leválasztották, és létrehozták Légiforgalmi és Repülőtéri Igazgatóságot (LRI). Ezen szervezeten belül jött létre a Repülésfelügyeleti Főosztály, amely az I.fokú légügyi hatóságként látta el a polgári repüléssel kapcsolatos államigazgatási feladatokat.
Ebből a főosztályból hozták létre a KPM 13/1983. (VI.30.) rendeletével az I. fokú hatósági jogköröket gyakorló Légügyi Igazgatóságot. A II. fokú légügyi hatósági feladatatokat pedig a Légügyi Főosztály látta el a KPM szervezeti egységeként.
1969 októberében Magyarország csatlakozott az 1944-ben aláírt a nemzetközi polgári repülésről szóló Chicagoi Egyezményhez.
1990-ben a Légügyi Főigazgatóság elnevezése ismét Légügyi Főosztály lett lényegében változatlan feladat- és hatáskörrel.
1993-ban a 13/1993.(I.19.) Korm. sz. rendelettel létrejött az egységes közlekedési hatósági szerv, a Közlekedési Főfelügyelet a KHVM miniszter felügyelete alatt. A Légügyi Igazgatóság, mint I. fokú hatóság, Repülési Felügyelet néven beépült az egyébként II. fokú hatáskörrel rendelkező Főfelügyelet szervezeti rendszerébe. Az így létrehozott rendszert az ICAO 1993 és 1994 évi kifogásai alapján a Kormány a 142/1995. (XI.30.) Korm. sz. rendelettel ismét megváltoztatta és visszaállította az önálló polgári légügyi hatósági szervezetet, a Légügyi Igazgatóságot.
A Légügyi Igazgatóság neve, tevékenysége és szervezete a 261/2001. (XII.19,) Korm. rendelet alapján ismét változott. Megnevezése Polgári Légiközlekedési Hatóság-ra módosult, a tevékenységet és s szervezetet egyaránt érintő változásokat a 2002. február 28.-án a Közlekedési és Vízügyi Miniszter által jóváhagyott új Szervezeti Működési Szabályzat tartalmazta.
A Közlekedési Főfelügyelet, a Központi Közlekedési Felügyelet, a megyei (fővárosi) közlekedési felügyeletek és a Polgári Légiközlekedési Hatóság jogutódjaként a Kormány a közúti, a vasúti közlekedéssel, a hajózással, valamint a polgári légiközlekedéssel kapcsolatos közlekedési hatósági feladatokat ellátására 2007. január 1-től létrehozta a gazdasági és közlekedési miniszter irányítása alatt működő egységes, országos hatáskörrel rendelkező közigazgatási szervet, a Nemzeti Közlekedési Hatóságot, így a Polgári Légiközlekedési Hatóság neve Nemzeti Közlekedési Hatóság Légiközlekedési Igazgatóság lett (NKH LI).
A Nemzeti Közlekedési Hatóság 2007. július 1-jével a 166/2007. (VI. 28.) Korm. rendelettel módosított 263/2006. (XII. 20.) számú Kormány rendelet alapján a katonai légügyi feladatok tekintetében - a HM Katonai Légügyi Hivatal (KLH) jogutódja is, így a KLH integrálódott az NKH LI szervezetébe.
2011. január 01-el a 326/2010. (XII.27.) Korm. rendelettel módosított 263/2006. (XII. 20.) számú Korm. rendelet a Nemzeti Közlekedési Hatóságról alapján a Légiközlekedési Igazgatóság neve Légügyi Hivatal lett.A tevékenységet és a szervezetet egyaránt érintő változásokat a Nemzeti Közlekedési Hatóság Szervezeti és Működési Szabályzata tartalmazza.