A Hatóság központi szerve a Központ, amelyet a Hatóság elnöke közvetlenül vezet.
A Hatóság elsőfokú szervei:
- a Közúti Gépjármű-közlekedési Hivatal, amelyet a közúti gépjármű-közlekedési elnök-helyettes vezet
- az Útügyi, Vasúti és hajózási hivatal, amelyet az útügyi, vasúti és hajózási elnök-helyettes vezet
- a Légügyi Hivatal, amelyet a légügyi elnök-helyettes vezet
A Hatóság szakmai tanácsadó, véleményező, döntést előkészítő testülete a Közlekedési Szakértői Testület, melynek Ügyrendje erre a linkre kattintva tölthető le.